有機肥的原料品類較多,質量也良莠不齊,效果差別很多大。常用的有腐植酸、城市污泥、紙廠紙泥、木質素、生化制藥廠的廢棄物以及餅粕等,腐植酸類原料對土壤和根系有一定的改良作用,但對土壤中有益菌的支持作用微乎其微,因此在肥料品質上表現一般。而城市污泥、紙廠紙泥由于重金屬含量較高,若在處理過程中有遺漏,會造成作物的人為污染,造成收益上的損失。
木質素類原料的有機肥雖然有機質含量較高,但由于木質素在土壤中分解很困難,用其做肥料效果可想而知。近幾年,將生化制藥廠的固形廢棄物經微生物法腐熟處理后制成的有機肥,在農業的實際生產中表現出了良好的效果,這是由于生化制藥廠用于抗生素生產的培養基都會加入淀粉類和餅粕類組分。這些廢棄物中的成分其營養價值非常高,經腐熟處理后用做有機肥料則效果非常顯著。